基督教神学已有趋向体系化的发展。同时，教会感到有必要从流行的基督教文献中选出某些书，承认其具有圣经的权威。但新约正典的最后确定，到4世纪才完成。此外，教会以接受教徒施行洗礼时所用的“洗礼信式”为基础，制定一种简明扼要的条文，以表达信仰最基本的内容，称为信规。是为后来信经或“信条”的雏形。
基督教的国教化至3世纪末，基督教已成为一支相当显著的社会力量，其多数领导成员的社会成分虽已上层化，但基本群众仍多属中、下层平民和奴隶。在几次大规模的迫害中，基督教非但没有被消灭，反而在人数和社会影响上有所发展。4世纪初，内外矛盾的日益加剧，帝国当局对基督教的政策有所改变。313年帝国西部皇帝君士坦丁一世和东部皇帝李锡尼在米兰会见，联名发布“宽容敕令”（史称“米兰敕令”），宣布基督教可与所有其他宗教同享自由，不受歧视。从此基督教成为官方认可的合法宗教，并得收回教产。君士坦丁在战胜李锡尼后，进一步扶植基督教，于325年在帝国东部尼西亚召开基督教普世主教会议，后被称为第一次尼西亚公会议，为帝国政权直接干预教会内部事务以及教义和崇拜仪礼的开端。
从第一次尼西亚公会议到787年第二次尼西亚公会议，在东部共举行七次基督教普世主教会议，均由帝国皇帝召开。从此，东部教会的发展历史与拜占廷帝国的政治和宫廷斗争，有着不可分割的联系。392年，狄奥多西一世以罗马帝国的名义正式宣布基督教为国教。
在西部，476年罗马帝国灭亡后，法兰克王克洛维也仿效君士坦丁的做法，于496年改信基督教，对基督教上层人物实行收买、控制、利用，以扩张其政治势力。教会在国王的扶持下，发展迅速，并拥有大量土地财富。
由于政治区划和语言、文化传统等方面的差异，罗马帝国全境在事实上一直分为东、西两部分。基督教从3世纪以来，也逐渐形成东西两大派。西派以罗马为中心，传播于高卢、意大利到北非迦太基一带及以西地区，通行拉丁语，又称拉丁教会。东派散布在马其顿、希腊半岛至埃及及其以东地区，通行希腊语，又称希腊教会；初以亚历山大里亚、安提阿、耶路撒冷等地为中心。330年君士坦丁一世设东都于拜占廷，改名君士坦丁堡，又称新罗马。此后君士坦丁堡教会在东部教会中逐渐居于首位，和西部的罗马对峙。
4～7世纪，东部教会各派势力之间的矛盾（有时西部教会亦介入）在神学上表现为关于三位一体和基督的神人两性的教义之争。在这场持续3个世纪的争论中，东部教会的两大神学派别，即亚历山大学派和安提阿学派形成两个互相对立的中心，最后产生了《尼西亚-君士坦丁堡信经》和《卡尔西顿信式》，作为这两项教义的正统标准，为后世基督教大多数派别所接受。当时东部教会曾借帝国势力，将不接受这项信仰标准的各派斥为异端，并将其逐至帝国边陲地区。其中有流传于哥特人和汪达尔人地区的阿里乌派、流行于叙利亚一带的阿波利拿里派、被逐至叙利亚和美索不达米亚的聂斯托利派（7世纪该派曾经波斯传入中国，称为景教）。此外还有优迪克派（后来成为一性论派）和一意论派，均先后被排挤至叙利亚、埃及、埃塞俄比亚等地。
4～5世纪间，帝国西部常受北方异族侵扰。410年西哥特入攻陷罗马城，476年西罗马帝国正式灭亡。452年，罗马主教利奥一世以西部帝国当局庸弱无能，力主向入侵的匈奴王阿提拉媾和，解救罗马危局，从而提高了自己的政治地位，进而宣称罗马主教乃使徒彼得的继承人，故位居众主教之首；为后世确立教皇制提出了理论依据。6世纪末，当伦巴德入侵扰意大利时，罗马主教格列高利一世在罗马城建立政教合一的统治，并扩大统辖范围，进一步提高罗马主教的权力。至此东西部教会对峙之势，已成定局。在神学思想上，东部教会受希腊哲学传统的影响，较重视具有玄学倾向的三一论和基督论等神学论争。西部教会则受罗马法学传统的影响，其主要神学争论是关于人性、罪、意志自由和教会等问题。拉丁教父希波主教奥古斯丁所主张的原罪论、恩宠论和预定论，对后来西方正统派神学有深远影响。主张自由意志说而与奥古斯丁对立的贝拉基则被斥为异端。奥古斯丁所著《论上帝之城》，为中世纪西欧教会的教权至上论提供了理论依据。这时期，另一拉丁教父哲罗姆奉罗马主教达马苏一世之命重新整理圣经的拉丁文旧译本，并对其中一部分进行重译，后被称为“通俗译本”（16世纪中叶天主教特兰托公会议宣布为法定本）。格列高利一世还对教会的组织、修院制度和崇拜仪式进行了一些改革整顿。
######中世纪基督教######
史略6世纪上半叶，拜占廷皇帝查士丁尼一世自称为教会元首，将东部教会置于帝国权力监护之下，直接干预教会审订教义和人事组织事务，而教会则依附于国家政权。东部教会在历史上未曾出现如西部教会教皇与世俗统

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