里安区，分别向南向北撤退。他们已经没有具有威望的领导人了，华人基督徒的领袖在内讧中被杀，漳州帮和泉州帮以及工匠行会的大佬都在上午的攻城战中战死了。没有人还想着能战胜，所以，华人起义者们失去了有组织的抵抗，分散成以同一个县、同乡、同村或者同一家族为单位的小团体，乱哄哄地撤出了巴里安。幸好他们都是夜间行动的，西班牙人没有察觉。
还有一些感觉无路可逃的华人留在了巴里安，决定和巴里安一齐毁灭。他们主要是些在吕宋居留了十几年以致几十年的侨民，祖国的老家已没什么亲人可以投靠了；假若最终要在家乡流落街头穷困而死，那还不如在巴里安和敌人一齐同归于尽。
整个吕宋岛上，唯一的有组织的华人武装只剩下尹峰和鲁石头带领的逃亡队伍了。
由于比农多首先被西班牙人攻占，向巴石河以北溃退的华人较少，大约只有2000多人，而其余的大部分人都向巴里安南方突围，大多数人向八达雁沿海方向走。
第二天，西班牙人发觉了华人起义者的动向，他们再次敲起了城里所有教堂的钟声。
唐.佩德罗.阿库纳总督在皇家马尼拉法院里向马尼拉城西班牙殖民者演讲：
“先生们，感谢上帝，我们已经打败了生理人对马尼拉的围攻。但是，我们还远没到庆祝的时候，昨天晚上，生理人叛乱者已经偷偷逃离了巴里安。土著侦察兵传来的消息说：有数千生理人一路逃往巴石河北方，他们中更多人正在往南向圣.巴勃罗和八达雁方向逃窜。我已经派出维拉斯科上尉追击南方的叛乱者，阿兹奎塔少校将去北方平定叛乱。现在，各地的粮食已经到了收获季节，我们必须保住这些收成，尽快平息这场**。同时，我已经派人去通知本殖民地所有省份的省长们，命令他们就地解决当地的所有生理人，不准放过一个。我们必须尽快恢复秩序，先生们！”
说到这里，他严厉地看着底下的一批西班牙商人和绅士：“我知道，这里的某些人是同情生理人的，也许是因为商业利润关系，你们在自己家中藏着些生理人；我在此重申我的命令：从即日起，在本殖民地全境处决所有生理人！”
很快，总督的命令被执行了，马尼拉城少数被同情者保护起来的华人在一个上午的时间内全部被屠杀了。有的在街头被绞死，有的在保护者家中被暗杀，有的被前保护者押送到了马尼拉监狱，最终被绞死在市政广场上。
这些天，大主教贝纳维德斯忙得很，到处组织圣像游行。城里城外每天都有人抬着圣像唱着圣歌的四处游行，传教士们不知疲倦地组织着感恩游行。
在贝尔纳多的生意伙伴，新基督徒弗朗西斯科.迪亚斯.德.蒙托亚的家里，一群西班牙士兵闯了进来，把华人基督徒商人米格尔.奥托抓了起来。
生理人基督徒米格尔.奥托，原名施源，是第一任巴里安华人总管，也是德.蒙托亚的长期生意伙伴。德.蒙托亚拦住士兵：“你们要干什么？”
士兵凶恶地说；“先生，这个生理人参与叛乱，我们受命逮捕他。”
“奥托先生，您承认吗？”
施源奥托说：“不，我没有参与叛乱。说这些没用了，这是我的命啊！谢谢您，蒙托亚先生，感谢您收留我。”施源微笑着向主人深深鞠躬。
下午，德.蒙托亚在马尼拉的市政广场上看到了米格尔.奥托施源的尸体悬挂在绞刑架上。
几天后，整个马尼拉除了在圣地亚哥堡地下水牢中的黄康和李旦外，已经没有一个华人还活在世上了。黄康也在几天后被马尼拉皇家法院以叛乱罪判处绞刑。临死之前，他拒绝了马尼拉大主教贝纳维德斯给他忏悔；他看清了大主教的真面目，指责大主教贝纳维德斯是挑起战争的罪魁祸首。然后，黄康自己走上了绞刑架，不再向西班牙人的上帝祈祷了，而是在心中向遗忘了许久的妈祖娘娘祷告：死后要能和自己家人团聚在阴间。
西班牙军队迅速分派出去奔赴巴石河南北，一支西班牙、日本人混合部队再次进入已经大半成为废墟的巴里安，搜素最后的华人幸存者，顺便抢劫那些留在市场内的货品财物。
留在巴里安的最后一批华人在敌人脚步声响起的时候，不约而同点燃了自己的房屋。最后的大火顿时连成了片，铺天盖地的火焰把冲入巴里安的西班牙人和日本人又赶出了巴里安。发财梦破灭了的混合部队成员只好聚集在城下，和城头的西班牙人一起目瞪口呆看着整个巴里安变成一片火海。华人没打算留下任何东西包括他们自己的生命；他们把桐油泼洒在了所有街区的房屋上，连未烧尽的废墟也没落下；所以大火燃烧起来后，势不可挡，连续烧了两天，使巴里安彻底成了一片白地。
前一天失陷在巴里安的加斯帕尔上尉，最终也落得尸骨无存的下场。
阿兹奎塔少校的部队主要是邦

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