孙承宗见了皇帝说道：“祖大寿并没有反朝廷之意，只是害怕由袁督师牵连到他们。要想召回祖大寿，非得有袁崇焕的手书不可。”
朱由检叹了一口气，说言之有理，看了一眼梁廷栋：“你等运筹何事？动辄张皇失措，事情既然可行，还不赶快去办！”
于是内阁六部一行高官赶忙来到监狱，对袁崇焕多方开导，袁崇焕执意不肯：“祖大寿之所以听我的话，因为我是督师，如今已是罪人，哪里还能得到他的信任？”
孙承宗自然不信，心道你翅膀长硬了，在老子面前唬谁呢？
“你只手擎辽，生死早已置之度外，天下之人莫不佩服你的忠义，谅解你的心情。作为臣子，只要有利于国家，不惜献身。死于敌人与死于律法，究竟哪一个更值得呢？”
袁崇焕这才欣然从命，当即给祖大寿写了书信，言辞极其恳切，要他顾全大局。
朱由检立即派专人拿着袁崇焕的书信去召回祖大寿。信使星夜疾驰，终于在距离锦州一日路程的地方追上了祖大寿一行。祖大寿下马捧读袁督师的书信，泣不成声，全军上下一起痛哭。随军同行的祖大寿老母问明缘由，果断地说：“走到今天这个地步，是因为失去了袁督师。幸好还没有死，你何不立功为他赎罪，乞求皇上赦免。”将士们听了踊跃欢呼，祖大寿这才下令退回北京。
朱由检闻讯，大喜过望，顿时又闪现出重新起用袁崇焕统领辽兵的念头，甚至还说：“守辽非蛮子不可！”事情似乎有了转机。
大学士孙承宗也在从中斡旋，一方面希望皇上对祖大寿的行动予以谅解，另一方面送去一封密信，劝祖大寿赶快向皇上检讨，表示愿意立功为袁督师赎罪。祖大寿终于取得了皇帝的谅解。